Metroid Prime Pinball kent verscheidene spelmodi. De eerste heet `Multi-Mission`` en hierbij moet je het met Samus opnemen tegen verscheidene monsters, eindbazen en andere wezens opnemen om je doel te voltooien.

In totaal kent deze spelmodus zes verschillende werelden, met elk zijn eigen stijl. Je kunt op Metroid-wijze nieuwe gebieden ontgrendelen nadat je nieuwe vaardigheden hebt gekregen.De tweede modus is Single Mission. Bij deze is kun je uit `Score Attack kiezen, waarbij je de hoogst mogelijke score moet halen en dan heb je nog Time Attack. Bij die laatste moet je zo snel mogelijk een eindbaas verslaan. Dan is er nog de modus Wireless Mission. Hierbij kun je tot en met acht spelers het opnemen tegen elkaar, en daar heb je niet twee spelcassettes voor nodig. Je kunt de data van het spel namelijk draadloos naar zeven andere spelers sturen om een potje te pinballen. Wie de hoogste topscore heeft wint.